Antibody Engineering
一站式抗体工程工作流，整合5大工具
安装使用
复制下面这段提示词发给你的 AI（Claude / Cursor / TRAE / Codex / WorkBuddy 等），它会自动帮你完成安装：
帮我安装这个 AI Skill：Antibody Engineering。 它的用途是：一站式抗体工程工作流，整合5大工具 完整的 Skill 内容见：https://321skill.com/skills/antibody-engineering-x-5/raw/index.md 请读取该页面内容，如果是 SKILL.md 格式直接安装，如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接，AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
'基于这条小鼠杂交瘤抗体序列（全长VH/VL），使用抗体工程工作流进行人源化改造，并用FoldX评估每个突变体的稳定性变化。' 它会自动解析序列，通过ANARCI编号，BioPhi计算人源化评分，IgFold生成初始结构，再调用FoldX扫描关键残基、计算突变能量，最后输出排名前10的候选突变体及其结构文件。
介绍
抗体工程是生物制药和免疫学研究的核心环节，但传统流程涉及多个独立工具（ANARCI、BioPhi、IgFold、FoldX、Rosetta），数据格式不统一、参数配置繁琐、结果难以串联。本Skill通过SciMiner平台将这些工具整合为一条自动化流水线，解决抗体序列注释、人源化评估、结构预测、稳定性优化和能量计算之间的衔接痛点，让研究者从重复的手动操作中解放出来。
使用方式极简：你只需提供抗体序列或PDB结构文件，AI会自动调用SciMiner调度各工具完成完整流程。例如，输入一条小鼠抗体序列，Skill会依次用ANARCI进行Kabat编号，用BioPhi评估人源化潜力，用IgFold预测三维结构，再用FoldX和Rosetta优化突变并计算自由能变化。所有中间结果自动汇总为一份结构化报告，并支持可视化交互。
本Skill适合从事抗体工程、免疫治疗、蛋白质设计的学术研究者、生物信息学分析师以及药企研发人员。无论你是刚开始接触抗体结构预测的新手，还是需要批量处理大量候选序列的资深专家，都能通过自然语言指令快速获得专业级分析结果，无需逐一学习每个工具的命令行接口。
使用前建议安装SciMiner平台（免费开源），并确保计算机有至少16GB内存和GPU支持（用于IgFold推理）。注意当前工作流针对经典抗体（IgG）优化，对于纳米抗体、双特异性抗体等特殊格式可能需要额外配置。此外，FoldX和Rosetta的许可证需自行获取，本Skill不包含商业授权。
核心特点
同类技能通常只封装单个工具（如单独调用IgFold或Rosetta），而本Skill将ANARCI、BioPhi、IgFold、FoldX、Rosetta五大工具通过SciMiner编排为端到端流水线，自动完成从序列编号到结构优化的全流程，无需手动导数据、写脚本。
注意事项
不适合非抗体蛋白（如酶、受体）的工程分析，且对计算资源要求较高（尤其需要GPU运行IgFold）。
常见问题
如何安装抗体工程工作流？
通过SciMiner平台安装本Skill，执行 `pip install sciminer-antibody` 或从GitHub克隆仓库后配置环境。详见仓库README。
需要哪些外部依赖？
需要安装ANARCI、BioPhi、IgFold、FoldX、Rosetta，并确保它们可被系统PATH访问。SciMiner会自动检测和调用。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手（Claude Code、Cursor、TRAE 等）能看到这个页面，把下面这段发给它即可自动完成安装：
请访问 https://321skill.com/skills/antibody-engineering-x-5/raw/index.md 读取 Antibody Engineering 的原始 Skill 定义（Markdown 格式），按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址：/skills/antibody-engineering-x-5/raw/index.md（查看排版版本）