Antibody Engineering
整合多种专业工具，自动化完成抗体工程设计与分析工作流。
安装使用
复制下面这段提示词发给你的 AI（Claude / Cursor / TRAE / Codex / WorkBuddy 等），它会自动帮你完成安装：
帮我安装这个 AI Skill：Antibody Engineering。 它的用途是：整合多种专业工具，自动化完成抗体工程设计与分析工作流。 完整的 Skill 内容见：https://321skill.com/skills/antibody-engineering-x/raw/index.md 请读取该页面内容，如果是 SKILL.md 格式直接安装，如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接，AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
'请使用Antibody Engineering工作流分析我提供的抗体序列FASTA文件，并生成一份包含人源化评分、预测结构和关键稳定性残基的报告。'，它会自动调用集成的工具链，依次执行序列注释、人源化分析、三维结构建模和稳定性计算，最终将结果整合输出。你也可以指定跳过某些步骤或调整参数。
介绍
该Skill旨在解决抗体工程领域研究人员在抗体序列分析、人源化、结构建模、稳定性预测和优化设计等环节中，需要手动切换和使用多个独立工具（如ANARCI、BioPhi、IgFold、FoldX、Rosetta）的繁琐问题。它通过SciMiner平台将这些工具串联成一个自动化的工作流程，用户只需提供初始数据，即可按预设顺序执行一系列分析任务。
使用方式通常是通过命令行或配置好的脚本，调用该Skill定义的工作流。用户输入抗体序列或相关数据，工作流会自动调用ANARCI进行抗体编号和分类，使用BioPhi进行人源化分析，通过IgFold生成3D结构模型，再利用FoldX和Rosetta进行结构稳定性评估与优化设计，最终输出综合报告。
它非常适合从事抗体药物发现、蛋白质工程、计算生物学研究的学术研究者、生物信息学数据分析师以及相关领域的高校学生。这些用户通常需要高效、可重复的计算分析来支持他们的实验或研究项目。
使用建议：由于集成了FoldX、Rosetta等计算密集型工具，建议在具有足够计算资源（如高性能计算集群）的环境中运行。用户需确保已正确安装所有依赖的底层软件（如ANARCI、BioPhi等）并配置好相应的许可证（如Rosetta）。对于不熟悉命令行操作的用户，可能需要一定的学习成本来理解工作流的配置和输出结果。
核心特点
核心区别在于它并非单一工具，而是通过SciMiner将ANARCI（序列分析）、BioPhi（人源化）、IgFold（快速结构预测）、FoldX（稳定性分析）和Rosetta（高精度设计与优化）这五个在抗体工程中不同关键环节的顶尖工具无缝集成，提供了一个端到端的自动化分析管道，避免了工具间数据格式转换和手动传递的麻烦。
注意事项
不适合仅需进行单一、简单步骤（如仅做序列比对）或缺乏相关专业软件许可证（如商业版Rosetta）的用户。
常见问题
这个工作流需要安装哪些前置软件？
需要提前安装并配置好ANARCI、BioPhi、IgFold、FoldX和Rosetta（或相关组件），并确保它们在系统路径中可调用。
运行这个工作流需要什么样的计算资源？
结构建模（IgFold）和优化（Rosetta）步骤计算量较大，建议在服务器或计算集群上运行，并确保有足够的内存和CPU/GPU资源。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手（Claude Code、Cursor、TRAE 等）能看到这个页面，把下面这段发给它即可自动完成安装：
请访问 https://321skill.com/skills/antibody-engineering-x/raw/index.md 读取 Antibody Engineering 的原始 Skill 定义（Markdown 格式），按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址：/skills/antibody-engineering-x/raw/index.md（查看排版版本）