Liftover MCP Server
基于Broad工具的MCP服务，实现多格式基因组坐标转换。
安装使用
复制下面这段提示词发给你的 AI（Claude / Cursor / TRAE / Codex / WorkBuddy 等），它会自动帮你完成安装：
帮我安装这个 AI Skill：Liftover MCP Server。 它的用途是：基于Broad工具的MCP服务，实现多格式基因组坐标转换。 完整的 Skill 内容见：https://321skill.com/skills/liftover-mcp-server/raw/index.md 请读取该页面内容，如果是 SKILL.md 格式直接安装，如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接，AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
“请帮我把这份hg19版本的基因表达峰值BED文件，转换成hg38版本的坐标。”，它会调用Liftover MCP Server处理你的文件，并返回转换后的新文件。或者你可以直接粘贴一段坐标数据，让它进行快速转换。
介绍
Liftover MCP Server 是一个专门用于基因组坐标转换的MCP工具。它解决了生物信息学研究中，不同基因组版本或不同格式的坐标数据无法直接对齐和比较的问题，例如将hg19版本的基因坐标转换为hg38版本。
用户通过安装此Skill，即可在支持的AI平台（如Claude Desktop）中调用该服务。使用时，只需向AI提供需要转换的坐标文件或数据，AI便会利用此工具完成格式或版本的转换，并返回结果。
该Skill主要面向需要处理基因组数据的学术研究者、数据分析师和生物信息学相关的高校学生。他们通常在分析公共数据库数据、整合多来源研究结果或准备论文图表时，会遇到坐标统一的需求。
使用时请注意，该工具依赖于Broad研究所的底层算法，转换精度和覆盖范围受原始工具限制。对于非常规的基因组区域或自定义格式，可能需要进行额外的数据预处理或结果校验。
核心特点
核心区别在于直接集成了Broad研究所成熟稳定的liftOver工具链，确保了基因组坐标转换的权威性和准确性；同时通过MCP协议封装，使得这一专业生物信息学操作能够无缝集成到AI助手的对话流中，极大简化了使用流程。
注意事项
不适合处理非标准基因组组装或自定义坐标系统的数据转换。
常见问题
这个工具支持哪些基因组版本的转换？
支持主流基因组版本（如hg19, hg38, mm10等）之间的转换，具体取决于底层链文件（chain file）的配置。
它能处理什么格式的输入文件？
通常支持BED、GFF、GTF等常见基因组区间文件格式，具体请参考工具文档。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手（Claude Code、Cursor、TRAE 等）能看到这个页面，把下面这段发给它即可自动完成安装：
请访问 https://321skill.com/skills/liftover-mcp-server/raw/index.md 读取 Liftover MCP Server 的原始 Skill 定义（Markdown 格式），按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址：/skills/liftover-mcp-server/raw/index.md（查看排版版本）