MolQL
将自然语言分子结构查询转换为MolQL脚本表达式。
安装使用
复制下面这段提示词发给你的 AI（Claude / Cursor / TRAE / Codex / WorkBuddy 等），它会自动帮你完成安装：
帮我安装这个 AI Skill：MolQL。 它的用途是：将自然语言分子结构查询转换为MolQL脚本表达式。 完整的 Skill 内容见：https://321skill.com/skills/molql/raw/index.md 请读取该页面内容，如果是 SKILL.md 格式直接安装，如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接，AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
“帮我生成一个MolQL查询，选择所有在链A上、且距离配体分子‘ATP’10埃以内的α-螺旋残基。”，它会理解您的自然语言描述，输出对应的MolQL表达式，例如`within(10, resname(‘ATP’)) and chain(‘A’) and secondaryStructure(‘helix’)`，您可以将此代码用于后续分析。
介绍
MolQL Skill旨在解决科研人员在处理分子结构数据时，难以用专业查询语言（Mol-Script）进行复杂检索的问题。它允许用户直接使用自然语言描述查询意图，例如“找到距离配体5埃以内的所有残基”，Skill会将其精准翻译为对应的MolQL表达式。
使用时，用户只需在支持该Skill的AI助手（如Claude）中，用自然语言描述对分子结构的查询需求。Skill会解析用户意图，生成准确的MolQL代码，并可对模糊请求进行澄清，确保查询的准确性。
该Skill非常适合从事结构生物学、计算化学、药物设计等领域的学术研究者、高校学生以及需要分析蛋白质数据库（PDB）等分子结构文件的数据分析师。他们无需精通MolQL语法，即可高效完成复杂的结构筛选与分析。
建议用户在使用时，尽量清晰地描述查询目标，包括具体的原子/残基/链标识符、距离阈值、属性条件等。对于复杂的多部分查询，可以分步描述或利用Skill的澄清功能。生成的MolQL表达式可在支持Mol-Script的分子可视化或分析软件（如Mol* Viewer）中直接使用。
核心特点
与通用代码生成或翻译技能不同，它专精于分子结构查询领域，能理解并处理“距离基序”、“二级结构元素”、“属性过滤”等专业概念，直接输出可执行的MolQL脚本，而非通用代码或解释。
注意事项
不适合处理与分子结构查询无关的通用编程、文本处理或数据分析任务。
常见问题
MolQL是什么？
MolQL（或称Mol-Script）是一种用于查询和筛选分子结构（如蛋白质、核酸）的领域特定语言，常用于分子可视化工具中。
这个Skill能直接运行MolQL吗？
不能，它是一个翻译器。它生成MolQL表达式，您需要将其复制到支持Mol-Script的软件（如Mol* Viewer）中执行查询。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手（Claude Code、Cursor、TRAE 等）能看到这个页面，把下面这段发给它即可自动完成安装：
请访问 https://321skill.com/skills/molql/raw/index.md 读取 MolQL 的原始 Skill 定义（Markdown 格式），按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址：/skills/molql/raw/index.md（查看排版版本）