SRAgent
利用AI智能体从NCBI SRA数据库自动化获取和处理测序数据的工具。
安装使用
复制下面这段提示词发给你的 AI（Claude / Cursor / TRAE / Codex / WorkBuddy 等），它会自动帮你完成安装：
帮我安装这个 AI Skill：SRAgent。 它的用途是：利用AI智能体从NCBI SRA数据库自动化获取和处理测序数据的工具。 完整的 Skill 内容见：https://321skill.com/skills/sragent/raw/index.md 请读取该页面内容，如果是 SKILL.md 格式直接安装，如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接，AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
“Summarize SRX4967527”，它会调用Entrez Agent、SRA BigQuery等多个工具，为你汇总该测序实验的样本信息、实验设计、相关文献等关键元数据。或者
对AI说：“Which 10X Genomics technology was used for ERX11887200?”，它能精准地从数据库或相关网页中查找并返回该样本所使用的具体10X Genomics技术平台信息。
介绍
SRAgent是一个专为生物信息学领域设计的AI智能体工作流，旨在解决从庞大的NCBI序列读取档案（SRA）数据库中手动提取、转换和汇总数据的繁琐问题。它通过集成多种工具（如Entrez API、SRA BigQuery、网页抓取和序列分析工具），让用户能够通过自然语言指令，自动化地完成数据查询、元数据获取、文献关联和初步分析等任务。
用户可以通过命令行直接调用SRAgent，使用简单的自然语言指令（如“Summarize SRX4967527”或“Convert GSE121737 to SRX accessions”）来驱动智能体执行复杂的数据库查询和数据整合工作。它支持配置不同的AI模型后端（如OpenAI、Claude、Gemini）和环境变量，以适应不同的使用需求和安全策略。
该工具非常适合需要频繁与SRA数据库交互的学术研究者、数据分析师和生物信息学开发人员。它能够显著提升数据检索和文献调研的效率，尤其适用于构建大规模、标准化数据集的项目（如单细胞测序数据库）。
使用前需配置相应的API密钥（如OpenAI、Anthropic、Google）以启用AI模型。虽然支持SQL数据库用于大型项目管理，但对于大多数一次性查询任务，无需数据库即可运行。建议设置NCBI的API密钥和邮箱以提高查询速率限制。
核心特点
与单纯的数据下载工具不同，SRAgent将大语言模型（LLM）作为核心“决策者”，能理解复杂的自然语言查询意图，并自主调用Entrez API、BigQuery、网页抓取、sra-stat等多种底层工具来完成任务，实现了从“数据获取”到“信息理解与整合”的自动化工作流。
注意事项
不适合对SRA数据格式和生物信息学背景知识完全不了解的普通用户，且其功能深度依赖于对NCBI在线数据库和API的访问。
常见问题
SRAgent需要联网使用吗？
是的，需要访问NCBI在线数据库、AI模型API以及可能的BigQuery服务。
可以处理本地私有测序数据吗？
不能，SRAgent主要设计用于从公共的NCBI SRA数据库获取和处理数据。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手（Claude Code、Cursor、TRAE 等）能看到这个页面，把下面这段发给它即可自动完成安装：
请访问 https://321skill.com/skills/sragent/raw/index.md 读取 SRAgent 的原始 Skill 定义（Markdown 格式），按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址：/skills/sragent/raw/index.md（查看排版版本）