taxonomy-resolver
基因组数据发现与Galaxy分析工作流推荐工具
安装使用
复制下面这段提示词发给你的 AI（Claude / Cursor / TRAE / Codex / WorkBuddy 等），它会自动帮你完成安装：
帮我安装这个 AI Skill：taxonomy-resolver。 它的用途是：基因组数据发现与Galaxy分析工作流推荐工具 完整的 Skill 内容见：https://321skill.com/skills/taxonomy-resolver/raw/index.md 请读取该页面内容，如果是 SKILL.md 格式直接安装，如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接，AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
“我想研究水稻的转录组，请帮我找一下相关的公开RNA-seq数据。” 它会先使用 taxonomy-resolver 解析“水稻”的学名并搜索ENA数据库，返回相关的BioProject和数据集列表。接着你可以问：“针对这些数据，Galaxy上有哪些合适的工作流？” 它会调用 iwc-workflow-recommender 为你推荐转录组分析工作流，并说明其兼容性。
介绍
该技能包包含两个互补的工具，旨在帮助研究人员高效处理基因组数据。首先，taxonomy-resolver 解决了基因组数据查找与识别的难题，它能将生物体的俗名或学名解析为标准的NCBI分类学ID，并据此在ENA（欧洲核苷酸档案库）中搜索相关的FASTQ原始数据、基因组组装等，还能按BioProject项目分组呈现详细信息，支持按RNA-Seq、WGS等实验类型进行筛选。
其次，iwc-workflow-recommender 专注于分析阶段的衔接，它能在Galaxy平台的IWC工作流目录中，根据用户的数据类型（如真核生物、单端/双端测序）和实验目的，推荐兼容且经过社区验证的分析工作流，并提供可直接导入Galaxy的TRS ID，避免了用户手动寻找和配置工作流的繁琐过程。
该技能包非常适合从事生物信息学、基因组学研究的学术研究者、数据分析师以及相关领域的高校学生。无论是进行文献调研、课程设计还是具体的科研项目，都能利用它快速定位公开数据并规划标准分析流程。
使用建议：建议按“先找数据，再定流程”的顺序串联使用两个技能。注意事项：两个技能均依赖外部API，需确保网络环境可访问相关域名；此外，工作流推荐器严格遵循“不生成代码”原则，只推荐现有工作流，因此对于极其特殊或前沿的分析需求可能无法覆盖。
核心特点
与单一的数据查询或代码生成工具不同，它提供了一个从数据发现到标准化分析流程推荐的端到端解决方案，且严格遵循“不虚构数据、不编写分析代码”的原则，确保推荐的权威性和可复现性。
注意事项
不适合需要编写全新、定制化分析脚本或处理非标准、私有数据库数据的场景。
常见问题
这个技能能帮我分析自己的测序数据吗？
不能直接分析，但它能帮你找到公开的参考数据，并为类似数据的分析推荐Galaxy上的标准化工作流，你需要自行在Galaxy中运行工作流。
找不到我想要的物种数据怎么办？
可能是该物种在ENA中暂无公开数据，或名称解析有误，请尝试使用更准确的学名或常见别名。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手（Claude Code、Cursor、TRAE 等）能看到这个页面，把下面这段发给它即可自动完成安装：
请访问 https://321skill.com/skills/taxonomy-resolver/raw/index.md 读取 taxonomy-resolver 的原始 Skill 定义（Markdown 格式），按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址：/skills/taxonomy-resolver/raw/index.md（查看排版版本）