Virtual Screening
虚拟筛选工作流,用于化学库的化合物活性预测
安装使用
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帮我安装这个 AI Skill:Virtual Screening。 它的用途是:虚拟筛选工作流,用于化学库的化合物活性预测 完整的 Skill 内容见:https://321skill.com/skills/virtual-screening-x-4/raw/index.md 请读取该页面内容,如果是 SKILL.md 格式直接安装,如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
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使用示例
'请使用Virtual Screening工作流对给定的化合物库(文件名为compounds.sdf)进行基于Transformer的活性预测,输出Top-100候选分子。' 它会自动解析化合物库,加载预训练Transformer模型,执行特征提取与活性打分,最终生成包含化合物ID、活性得分和对接评分(如果启用)的排序表格,并保存为CSV文件。
介绍
该Skill解决了药物研发早期阶段从海量化合物库中快速筛选潜在活性分子的痛点。传统实验筛选成本高、周期长,而本工作流通过计算化学方法,将Transformer深度学习模型与分子对接(Docking)技术结合,显著提升虚拟筛选效率和通量。
使用方式非常直观:用户只需提供化合物库文件(如SMILES或SDF格式),Skill会自动调用SciMiner引擎执行筛选流程。支持两种模式——基于Transformer的序列特征预测和基于结构的分子对接打分,最终输出排序后的候选化合物列表及置信度评分。
适合药物化学家、计算化学研究者、生物信息学分析师以及从事先导化合物发现的高校实验室。尤其适合需要快速评估大规模化合物库(数十万至数百万分子)但缺乏本地高性能计算资源的团队。
建议在使用前准备好标准化的化合物结构数据,并确保安装了RDKit等化学信息学依赖。对于非专业用户,可先从内置的小型演示库开始测试流程。注意:该Skill的预测结果仅为初步筛选,最终仍需湿实验验证。
核心特点
与同类虚拟筛选工具相比,本Skill同时集成了Transformer序列预测和分子对接两种互补方法,并通过SciMiner自动编排工作流,无需手动切换模型或对接软件。
注意事项
不适合没有化学结构数据(如仅提供CAS号或名称)的场景,且依赖外部分子对接程序(如AutoDock Vina)的安装与配置。
常见问题
这个Skill需要安装哪些依赖?
需要Python 3.8+、RDKit、PyTorch、SciMiner以及AutoDock Vina(用于对接模式)。建议通过requirements.txt一键安装。
支持哪些分子文件格式?
支持SMILES、SDF、MOL2等常见化学格式,也可通过CSV文件传入SMILES列。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手(Claude Code、Cursor、TRAE 等)能看到这个页面,把下面这段发给它即可自动完成安装:
请访问 https://321skill.com/skills/virtual-screening-x-4/raw/index.md 读取 Virtual Screening 的原始 Skill 定义(Markdown 格式),按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
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