Virtual Screening
化学库虚拟筛选工作流,支持Transformer和对接筛选
安装使用
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帮我安装这个 AI Skill:Virtual Screening。 它的用途是:化学库虚拟筛选工作流,支持Transformer和对接筛选 完整的 Skill 内容见:https://321skill.com/skills/virtual-screening-x-5/raw/index.md 请读取该页面内容,如果是 SKILL.md 格式直接安装,如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接,AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
'请使用虚拟筛选工作流,对给定的化合物库文件 ligands.sdf 进行基于Transformer的活性预测,筛选出得分前100的候选分子。',它会自动解析文件、加载预训练模型、运行推理并输出排名列表。例如,您还可以指定'请用SciMiner对接模式,以目标蛋白PDB 1XYZ为受体,对库进行对接评分筛选。',工具会完成对接计算并返回结合能排序结果。
介绍
虚拟筛选(Virtual Screening)是药物发现早期阶段的关键技术,用于从海量化合物库中快速筛选出可能具有生物活性的候选分子。本 Skill 提供了一套完整的虚拟筛选工作流,支持开放和专有化学库,集成了基于 Transformer 的深度学习预测模型和基于 SciMiner 的分子对接筛选方法,帮助研究人员高效完成先导化合物发现。
使用方式非常简单:您只需提供待筛选的化合物库文件(如 SDF、SMILES 格式),通过自然语言指令指定筛选策略(如基于相似性、基于对接评分或基于 Transformer 预测),Skill 会自动执行预处理、特征提取、模型推理和结果排序,最终输出按活性评分排序的候选分子列表及其结构信息。
本 Skill 特别适合计算化学、药物化学领域的研究人员,以及从事药物设计相关工作的学术团队或药企研发部门。如果您需要快速从百万级化合物库中缩小候选范围,或者想对比不同筛选方法的性能,这个工具能显著降低人工操作成本,加速研究迭代。
需要注意的是,虚拟筛选结果仅提供理论预测,实际活性仍需通过湿实验验证。对于非常规化学库(如含金属配合物、高分子化合物),模型预测准确性可能下降。建议结合分子动力学模拟或多轮筛选进一步验证候选分子。
核心特点
与通用分子对接工具不同,本 Skill 同时集成 Transformer 预测和 SciMiner 对接两种互补方法,支持一键切换筛选策略,并针对开放与专有化学库做了适配,无需手动配置复杂的计算环境。
注意事项
不适用于无结构信息的化合物(如仅名称)或需要实时交互式分子编辑的场景,且预测结果依赖训练数据覆盖的化学空间。
常见问题
如何安装这个虚拟筛选工具?
请参考仓库 README 中的安装说明,通常需要 Python 3.8+ 和依赖包,推荐使用 conda 环境安装。
支持哪些化合物文件格式?
常见格式如 SDF、SMILES、MOL2、PDBQT 等均支持,具体请查看仓库文档。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手(Claude Code、Cursor、TRAE 等)能看到这个页面,把下面这段发给它即可自动完成安装:
请访问 https://321skill.com/skills/virtual-screening-x-5/raw/index.md 读取 Virtual Screening 的原始 Skill 定义(Markdown 格式),按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址:/skills/virtual-screening-x-5/raw/index.md(查看排版版本)