Antibody Engineering
抗体工程一站式工作流
安装使用
复制下面这段提示词发给你的 AI（Claude / Cursor / TRAE / Codex / WorkBuddy 等），它会自动帮你完成安装：
帮我安装这个 AI Skill：Antibody Engineering。 它的用途是：抗体工程一站式工作流 完整的 Skill 内容见：https://321skill.com/skills/antibody-engineering-x-3/raw/index.md 请读取该页面内容，如果是 SKILL.md 格式直接安装，如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接，AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
'帮我分析这条抗体重链序列（输入FASTA），评估人源化潜力并预测结构。' 它会自动调用ANARCI编号、BioPhi评估人源化评分、IgFold预测三维结构，最后用FoldX计算CDR区突变稳定性，输出一份包含结构图、稳定性数据和优化建议的综合报告。
介绍
抗体工程研究中，研究人员通常需要手动切换多个软件完成抗体编号、人源化评估、结构预测和能量优化，流程繁琐且易出错。本Skill通过SciMiner工作流，将ANARCI、BioPhi、IgFold、FoldX和Rosetta五个主流工具无缝串联，实现从序列输入到结构优化、稳定性评估的全自动化处理，大幅提升抗体设计效率。
使用方式非常简单：用户只需提供抗体重链/轻链氨基酸序列，Skill会自动调用ANARCI进行Kabat或Chothia编号，BioPhi评估人源化潜力和免疫原性风险，IgFold预测高精度3D结构，FoldX计算突变对稳定性的影响，Rosetta则进行进一步的能量最小化和对接模拟，最终输出包含编号、结构、能量评分和优化建议的综合报告。
本Skill适合抗体工程研究人员、生物信息学分析人员以及药物发现团队，尤其适用于需要快速筛选候选抗体或优化现有抗体亲和力、稳定性的场景。无需深厚的编程基础，但需具备基本的抗体结构知识以解读报告。
使用前请确保已安装Rosetta并获取学术或商业许可证，建议在Linux环境下运行。序列长度建议控制在200-600个残基范围内，过长序列可能导致结构预测时间显著增加。对于初次使用的用户，推荐先运行示例序列验证工作流完整性。
核心特点
不同于单独使用某个抗体设计工具，本Skill将ANARCI、BioPhi、IgFold、FoldX和Rosetta通过SciMiner工作流集成，实现端到端自动化，无需手动导出/导入中间结果或切换软件界面。
注意事项
不适合没有抗体工程背景的初学者，且需要预先安装Rosetta并获取许可证，无法在Windows原生环境下运行。
常见问题
需要安装哪些外部工具？
需要安装ANARCI、BioPhi、IgFold、FoldX和Rosetta，其中Rosetta需额外申请许可证。
能否处理嵌合抗体或人源化抗体设计？
可以，BioPhi专门用于人源化评估和CDR移植建议，FoldX可计算突变稳定性。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手（Claude Code、Cursor、TRAE 等）能看到这个页面，把下面这段发给它即可自动完成安装：
请访问 https://321skill.com/skills/antibody-engineering-x-3/raw/index.md 读取 Antibody Engineering 的原始 Skill 定义（Markdown 格式），按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址：/skills/antibody-engineering-x-3/raw/index.md（查看排版版本）