biomcp
一个统一的命令行工具，可跨30+个生物医学数据源进行搜索与分析。
安装使用
复制下面这段提示词发给你的 AI（Claude / Cursor / TRAE / Codex / WorkBuddy 等），它会自动帮你完成安装：
帮我安装这个 AI Skill：biomcp。 它的用途是：一个统一的命令行工具，可跨30+个生物医学数据源进行搜索与分析。 完整的 Skill 内容见：https://321skill.com/skills/biomcp/raw/index.md 请读取该页面内容，如果是 SKILL.md 格式直接安装，如果是 README 提炼核心 prompt 后安装。
提示词包含完整的 Skill 内容链接，AI 读取后即可完成安装。你也可以 查看完整内容 确认无误。
使用示例
“帮我查找与BRAF基因和黑色素瘤相关的最新研究文献和临床试验。”，BioMCP会通过单一命令跨PubMed、ClinicalTrials.gov等多个源进行搜索，并返回去重和整合后的结果。或者，你可以说：“获取基因BRAF相关的所有通路信息。”，它会直接从Reactome等数据库获取并呈现。
介绍
BioMCP 旨在解决生物医学研究者和从业者在获取数据时面临的碎片化难题。通常，PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov等权威数据源各自拥有不同的API、标识符和查询习惯，导致跨源检索和分析流程繁琐且重复。
BioMCP 通过一个统一的命令行二进制文件和单一的命令语法，将约30个可信的生物医学数据源整合在一起。用户只需使用简单的命令（如 biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma）即可进行跨实体发现，并能在基因、变异、疾病、文献等不同视图间无缝切换，无需为每个数据源重建查询逻辑。
该工具非常适合生物医学领域的研究人员、临床医生以及需要处理生物医学数据的AI应用开发者。它既可作为独立的CLI工具使用，也可作为MCP服务器，为Claude、Cursor等AI智能体提供生物医学数据查询能力。
使用前建议先运行 biomcp skill list 查看内置的工作流示例，以便快速上手。请注意，其PyPI包名为 biomcp-cli，而非 biomcp。
核心特点
与需要为每个数据源单独编写API调用代码或使用多个独立工具相比，BioMCP通过单一语法和二进制文件，实现了对数十个异构生物医学数据源的统一访问和跨实体关联查询，极大简化了数据获取与整合流程。
注意事项
主要面向生物医学领域的数据查询与整合，不适合通用网页搜索或非生物医学领域的数据分析。
常见问题
BioMCP 支持哪些数据源？
支持约30个生物医学数据源，包括PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome等。
如何将BioMCP集成到AI智能体（如Claude）中使用？
安装 `biomcp` 二进制文件后，运行 `biomcp serve` 启动MCP服务器，然后在相应的AI客户端（如Claude Desktop、Cursor）中配置即可。
给 AI 助手的安装指引
如果你的 AI 编程助手（Claude Code、Cursor、TRAE 等）能看到这个页面，把下面这段发给它即可自动完成安装：
请访问 https://321skill.com/skills/biomcp/raw/index.md 读取 biomcp 的原始 Skill 定义（Markdown 格式），按其中说明在我的环境里完成安装和配置。
AI 可直接读取的原始 Markdown 地址：/skills/biomcp/raw/index.md（查看排版版本）